Baboer die zowel van Timoer Lenk als van Djengis Khan (Djingiz Chan) afstamde, had de juiste achtergrond voor een leider en generaal. Hij werd op 14 februari 1483 geboren. Zijn vader regeerde over de kleine provincie Fergana in het huidige Oezbekistan. Toen Baboer elf jaar oud was, overleed zijn vader door een vreemd ongeluk. Op een dag was hij zijn wedstrijdduirven aan het voeren, die een verblijf hadden bij de buitenmuur van het paleis, toen de muur instortte en hij de dood vond.

De jonge Baboer volgde hem op als een van de kleine vorsten in de streek die allemaal van Timoer afstamden en familie van elkaar waren. Deze rijkjes lagen voortdurend met elkaar overhoop. Baboers ster rees en daalde met die van de andere vorsten. Hij bracht veel tijd in zijn legerkamp door om aanvallen uit te voeren of zijn gebied te verdedigen.